Il topo domestico vive nelle zone agricole, al margine delle coltivazioni o dei boschi, negli incolti, nelle aree cespugliose o in prossimità di copertura vegetale.
Si è insediato anche all’interno dell’ambiente urbano ed è in grado di penetrare all’interno degli edifici da fessure inferiori a 1 cm. E' possibile ritrovarlo anche in spazi chiusi come all'interno delle mura, in soffitte e metropolitane.